以下是一个比较两个文件并将输出存储到一个文件中的示例代码：

def compare_files(file1, file2, output_file):
    with open(file1, 'r') as f1, open(file2, 'r') as f2, open(output_file, 'w') as output:
        lines1 = f1.readlines()
        lines2 = f2.readlines()
        
        for line1, line2 in zip(lines1, lines2):
            if line1 != line2:
                output.write(f"{line1.strip()} != {line2.strip()}\n")

        if len(lines1) != len(lines2):
            output.write("文件长度不匹配")

    print("比较完成！")

# 示例用法
compare_files("file1.txt", "file2.txt", "output.txt")

在示例代码中，我们使用了open()函数打开文件并使用with语句以确保文件在使用后被正确关闭。我们读取两个文件的内容并将每一行存储在两个列表lines1和lines2中。

然后，我们使用zip()函数逐行比较两个文件的内容。如果两行不匹配，我们将不匹配的行写入输出文件中，使用字符串的strip()方法去除行末的换行符。

最后，如果两个文件的行数不相等，我们在输出文件中写入一条消息表明文件长度不匹配。

请注意，示例代码中的文件路径是相对路径，你需要根据实际情况修改文件路径。