代码示例：

import os

# 读取文件1的内容
with open('file1.txt', 'r') as file1:
    content1 = file1.readlines()

# 读取文件2的内容
with open('file2.txt', 'r') as file2:
    content2 = file2.readlines()

# 提取两个文件中共同的行
common_rows = set(content1) & set(content2)

# 将共同的行分别写入两个单独的文件
with open('common_file1.txt', 'w') as common_file1:
    for row in common_rows:
        if row in content1:
            common_file1.write(row)

with open('common_file2.txt', 'w') as common_file2:
    for row in common_rows:
        if row in content2:
            common_file2.write(row)

解释说明：

1. 首先，我们使用 open() 函数读取文件1和文件2的内容并保存到两个变量中。
2. 接着，我们使用 set() 函数将文件1和文件2的内容分别转换成集合，并使用 & 运算符获取两个集合中共同的元素。这里使用集合是因为它能够自动去重，确保唯一性。
3. 最后，我们分别遍历共同的行，并根据它们在文件1或文件2中出现的位置将它们分别写入到 common_file1.txt 和 common_file2.txt 文件中。

需要注意的是，此代码示例仅适用于文本文件。如果需要比较二进制文件，需要使用其他方法。