可以使用xml.etree.ElementTree模块来解析和比较XML文件。以下是一个示例代码，用于比较两个XML文件并将差异保存到新的XML文件中：

import xml.etree.ElementTree as ET

def compare_xml(file1, file2, output_file):
    # 解析两个XML文件
    tree1 = ET.parse(file1)
    tree2 = ET.parse(file2)

    # 获取根元素
    root1 = tree1.getroot()
    root2 = tree2.getroot()

    # 创建新的XML元素，用于保存差异
    diff = ET.Element("diff")

    # 递归比较两个元素
    compare_elements(root1, root2, diff)

    # 将差异保存到新的XML文件中
    diff_tree = ET.ElementTree(diff)
    diff_tree.write(output_file)

def compare_elements(e1, e2, diff):
    # 比较元素的标签
    if e1.tag != e2.tag:
        # 如果标签不同，则将e1添加到差异中
        diff.append(e1)
        return

    # 比较元素的属性
    for name, value in e1.attrib.items():
        if e2.attrib.get(name) != value:
            # 如果属性值不同，则将e1添加到差异中
            diff.append(e1)
            break

    # 比较元素的子元素
    for child1, child2 in zip(e1, e2):
        compare_elements(child1, child2, diff)

    # 检查是否有多余的子元素
    if len(e1) != len(e2):
        diff.append(e1)

# 示例用法
compare_xml("file1.xml", "file2.xml", "diff.xml")

在上述示例中，我们定义了一个compare_xml函数，该函数接受两个XML文件的路径和一个输出文件的路径作为参数。它使用ElementTree模块解析两个XML文件，并递归比较它们的元素。如果元素的标签、属性或子元素有差异，则将其添加到差异XML中。最后，将差异XML保存到输出文件中。

请注意，此示例仅比较了元素的标签、属性和子元素，并且假设两个XML文件的结构是相似的。如果需要比较更复杂的差异，可能需要根据实际需求进行修改。