可以使用Python中的difflib包比较两个字符串，然后在有不同的单词时进行标记。具体的实现方法如下：

import difflib

def compare_strings(str1, str2):
    """
    比较两个字符串并标记不同的单词
    :param str1: 字符串1
    :param str2: 字符串2
    :return: 带有标记的字符串
    """
    # 使用difflib包的SequenceMatcher()函数比较两个字符串的相似度
    seq = difflib.SequenceMatcher(None, str1.split(), str2.split())
    # 获取匹配度为0的部分
    diff = seq.get_opcodes()
    # 将不同的单词用标记标记出来
    marked_str = []
    for tag, i1, i2, j1, j2 in diff:
        if tag == 'replace':
            marked_str.append('' + ' '.join(str1.split()[i1:i2]) + '')
            marked_str.append('' + ' '.join(str2.split()[j1:j2]) + '')
        elif tag == 'delete':
            marked_str.append('' + ' '.join(str1.split()[i1:i2]) + '')
        elif tag == 'insert':
            marked_str.append('' + ' '.join(str2.split()[j1:j2]) + '')
        else:
            marked_str.append(' '.join(str1.split()[i1:i2]))
    return ' '.join(marked_str)

示例：

str1 = 'The quick brown fox jumps over the lazy dog'
str2 = 'The quick brown cat runs under the lazy dog'
marked_str = compare_strings(str1, str2)
print(marked_str)
# 输出：cat runs under fox jumps over the lazy dog

可以看到，这个函数将不同的单词用HTML标记标记出来，方便后续处理。