一种解决方法是在AppDelegate.swift文件中检测应用程序是否是从Xcodeproj文件启动的，并在这种情况下显示一个警告。可以通过检查ProcessInfo的processInfo属性的environment字典来确定应用程序是从哪个文件启动的。

以下是一个示例代码：

import UIKit

class AppDelegate: UIResponder, UIApplicationDelegate {

    var window: UIWindow?

    func application(_ application: UIApplication, didFinishLaunchingWithOptions launchOptions: [UIApplicationLaunchOptionsKey: Any]?) -> Bool {
        
        // Check if the app is launched from Xcodeproj
        if let executablePath = Bundle.main.executablePath, executablePath.contains(".xcodeproj") {
            // Display a warning alert
            let alertController = UIAlertController(title: "Warning", message: "Please open the .xcworkspace file instead of .xcodeproj", preferredStyle: .alert)
            let okAction = UIAlertAction(title: "OK", style: .default, handler: nil)
            alertController.addAction(okAction)
            window?.rootViewController?.present(alertController, animated: true, completion: nil)
        }
        
        // Other app launch code...
        
        return true
    }

    // Other AppDelegate methods...
}

这段代码会在应用程序启动时检查Bundle.main.executablePath属性，如果路径中包含.xcodeproj，则显示一个警告弹窗。可以根据需要自定义弹窗的样式和内容。

这样，当用户意外打开.xcodeproj文件时，应用程序会显示一个警告，提醒用户打开正确的.xcworkspace文件。