在R中，可以使用apply函数或者dplyr包中的函数来避免对大型数据集使用循环，并在重复数据上添加一秒。以下是两种解决方法的示例代码：

方法一：使用apply函数

# 创建一个包含重复数据的大型数据集
df <- data.frame(id = rep(1:1000, each = 100), value = rnorm(100000))

# 使用apply函数在重复数据上添加一秒
df$value <- apply(df, 1, function(row) {
  if (duplicated(row[1])) {
    row[2] + 1
  } else {
    row[2]
  }
})

方法二：使用dplyr包中的函数

library(dplyr)

# 创建一个包含重复数据的大型数据集
df <- data.frame(id = rep(1:1000, each = 100), value = rnorm(100000))

# 使用dplyr包中的函数在重复数据上添加一秒
df <- df %>%
  group_by(id) %>%
  mutate(value = ifelse(duplicated(id), value + 1, value))

这两种方法都避免了使用循环，并在重复数据上添加了一秒。使用apply函数时，通过指定MARGIN = 1来对每一行应用自定义函数。使用dplyr包中的函数时，通过group_by和mutate函数来分组并在每个组内使用条件语句进行计算。