在.NET Framework 4.6.1和2.0中，BinaryFormatter在处理某些特定类型的对象时可能会产生不同的结果。这是由于.NET Framework版本之间的一些改变所导致的。下面是一个包含代码示例的解决方法：

1. 将.NET Framework版本更改为4.6.1或更高版本，以确保BinaryFormatter的行为与您的期望一致。

2. 如果您无法更改.NET Framework版本，可以尝试使用其他序列化方法来替代BinaryFormatter。以下是一些可能的替代方法：

   a. 使用DataContractSerializer：DataContractSerializer是一个可替代BinaryFormatter的序列化器，它在.NET Framework 3.0及更高版本中可用。您可以使用DataContract和DataMember属性来指定要序列化的对象和字段。

   b. 使用Json.NET：Json.NET是一个流行的第三方 JSON 库，它可以在.NET Framework 2.0中使用。您可以使用JsonConvert类来序列化和反序列化对象。

   c. 使用ProtoBuf.NET：ProtoBuf.NET是另一个流行的第三方序列化库，它可以在.NET Framework 2.0中使用。您可以使用Serializer类来序列化和反序列化对象。

下面是一个使用DataContractSerializer的示例代码：

using System;
using System.IO;
using System.Runtime.Serialization;
using System.Xml;

[DataContract]
public class MyClass
{
    [DataMember]
    public string MyProperty { get; set; }
}

public class Program
{
    public static void Main()
    {
        MyClass obj = new MyClass { MyProperty = "Hello World" };

        DataContractSerializer serializer = new DataContractSerializer(typeof(MyClass));

        using (MemoryStream stream = new MemoryStream())
        {
            serializer.WriteObject(stream, obj);

            stream.Position = 0;

            MyClass deserializedObj = (MyClass)serializer.ReadObject(stream);

            Console.WriteLine(deserializedObj.MyProperty);
        }
    }
}

请注意，这只是一个示例，您可能需要根据您的实际需求进行调整和修改。