并行化Snakemake中输入函数的输出
创始人
2024-12-18 18:01:27
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在Snakemake中,我们可以使用输出函数(output function)来并行化输入函数(input function)的输出。下面是一个示例:

from snakemake import shell

# 输入函数:根据输入文件生成输出文件列表
def input_function(wildcards):
    # 模拟根据wildcards生成输入文件列表的过程
    input_files = [f"input_{i}.txt" for i in range(1, 5)]
    return input_files

# 输出函数:根据输入文件生成输出文件列表
def output_function(input_files):
    # 模拟根据输入文件生成输出文件列表的过程
    output_files = [f"output_{i}.txt" for i in range(1, 5)]
    return output_files

# 并行化输出函数的调用
output_files = output_function(input_function(wildcards))

# 构建Snakemake规则
rule all:
    input:
        output_files

rule some_rule:
    input:
        input_files = input_function,
    output:
        output_files = output_function
    shell:
        "command {input} {output}"

在上面的示例中,我们定义了一个输入函数input_function和一个输出函数output_function。在some_rule规则中,我们使用输入函数input_function来生成输入文件列表,并使用输出函数output_function来生成输出文件列表。在all规则中,我们指定了所有的输出文件作为Snakemake的目标。

通过这种方式,我们可以并行化Snakemake中输入函数的输出,从而提高作业的并行性能。

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