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BioPython出现“urllib.error.HTTPError:HTTPError400:BadRequest”错误信息。
创始人
2024-12-19 01:01:53
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出现这个错误是因为BioPython使用的NCBI E-utilities API中的查询字符串格式错误或缺失必要的参数。可以通过以下几种方法尝试解决问题：

  1. 大多数情况下，将查询字符串作为字典传递给NCBI API时会导致此错误。可以通过显式编码查询字符串来避免此问题，如下所示：

from urllib.parse import urlencode query = {'db': 'pubmed', 'term': 'cancer'} url = "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?" + urlencode(query)

  1. 可能是由于API的最大查询限制造成的。在这种情况下，分批查询或减少查询范围可能会有所帮助。

  2. 确保使用的是最新版本的BioPython，以避免已知的Bug。

  3. 如果仍然无法解决此问题，请尝试手动在网页浏览器中访问NCBI API网址，检查是否存在任何错误或警告消息。如果是，NCBI网站可能需要进行维护或更新，而不是代码中的任何错误。

  4. 如果无法解决此问题，请考虑使用其他NCBI API或第三方库。

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