Biopython的elink引用检索函数不接受列表,返回结果也没有分隔。
创始人
2024-12-19 01:02:26
0

可以将要查询的ID分割成单个的字符串,逐个进行查询。具体操作可参考以下示例代码:

from Bio import Entrez
Entrez.email = "your.email@example.com"

def citation_search(id_list):
    """
    Query Pubmed database for citations of given IDs
    :param id_list: list of Pubmed IDs
    :return: list of citation strings
    """
    citations = []
    for id in id_list:
        handle = Entrez.elink(dbfrom="pubmed", id=id, linkname="pubmed_pubmed_refs")
        record = Entrez.read(handle)
        handle.close()

        if "LinkSetDb" in record[0]:
            linksetdb = record[0]["LinkSetDb"]
            if len(linksetdb) > 0 and "Link" in linksetdb[0]:
                link_lst = []
                for link in linksetdb[0]["Link"]:
                    link_lst.append(link["Id"])
                link_str = ",".join(link_lst)

                handle = Entrez.esummary(db="pubmed", id=link_str)
                document = Entrez.read(handle)
                handle.close()

                summary = document[0]["Title"]
                summary += ". " + document[0]["Source"]
                summary += ". " + document[0]["PubDate"]
                summary += ". PMID: " + ", ".join(link_lst)

                citations.append(summary)
    return citations


id_list = ["31059020", "29411702", "29126162", "29077913", "29059547"]
citations = citation_search(id_list)
for cit in citations:
    print(cit + "\n")

该函数可以接受一个Pubmed ID的列表,然后逐个进行查询。查询结果会以列表的形式返回,每个结果单独作为一个字符串。字符串中包含了查询到的相关信息,如标题、出版物、日期和相关的PMID等。

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