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BiopythonEntrez是否能够从PMID列表中提取完整的Pubmed文章？
创始人
2024-12-19 01:01:56
0次

可以使用Biopython Entrez提取全文并存储为本地文件，但要注意，每个PMC文章的大小有限制，不同的出版商文件大小限制可能不同。以下是一个简单的代码示例，该示例从PMID列表中提取3篇文章并存储在本地目录下。

from Bio import Entrez
import os

Entrez.email = "your_email@address.com"  # 输入您的电子邮件地址（必需）

pmid_list = ['1234567', '2345678', '3456789']

output_dir = '/path/to/output/directory'  # 输出目录

for pmid in pmid_list:
    handle = Entrez.efetch(db="pubmed", id=pmid, rettype='full', retmode='xml')
    article = handle.read()
    # 存储全文到本地文件
    output_file = os.path.join(output_dir, pmid + '.xml')
    with open(output_file, 'w') as f:
        f.write(article)

在上面的代码中，我们使用Entrez.efetch来提取每个PMID的全文，并将其存储为XML格式的本地文件。 可以更改输出目录和输出文件名，以根据需要修改默认路径和命名模式。

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