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Biopythonncbiblast函数返回的.xml结果文件难以解释。
创始人
2024-12-19 01:30:48
0次

在使用 Biopython ncbi blast 函数时，可以使用以下代码将结果保存为非 .xml 格式的结果文件：

from Bio.Blast import NCBIWWW
from Bio.Blast import NCBIXML

# 在 NCBI 数据库中进行 blast
result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", "ATGCAGGAAGGCCGATGCTGACAACTTCAAGTCTTGACATCGCTCCTGGCTCGATCCCAGACGCCCGGGTGAGAATGGCGAGTCAGGCTTGCGGCTCGAGTGTGCGACTCCGGTGCCCGGGAAGAGC")

# 保存为文本文件
with open("blast_result.txt", "w") as out_handle:
    out_handle.write(result_handle.read())

# 将结果文件解析成类对象
with open("blast_result.txt") as in_handle:
    blast_record = NCBIXML.read(in_handle)

这样，就可以将结果文件保存为文本文件，然后使用 NCBIXML.read(in_handle) 将其解析成 blast_record 对象。该对象包含了可供 Python 轻松解释的有用信息。

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