Bison 默认只能处理一个输入文件，但是可以通过在命令行中指定多个文件名来处理多个文件，例如：

bison file1.y file2.y -o output.c

这将会把 file1.y 和 file2.y 合并处理并生成 output.c 文件。如果多个输入文件存在同名标识符的冲突，可以使用 %option prefix="prefix" 来给生成的符号加上前缀，避免冲突。

示例：

File1.y：

%{
    #include 
%}

%token NUMBER
%token ADD SUB

%%
expr: NUMBER
    | expr ADD NUMBER
    | expr SUB NUMBER
    ;

%%
int main(int argc, char** argv) {
    ++argv, --argc;
    yyin = fopen(*argv, "r");
    yyparse();
    fclose(yyin);
    return 0;
}

File2.y：

%{
    #include 
%}

%token MUL DIV

%%
factor: NUMBER
      | factor MUL NUMBER
      | factor DIV NUMBER
      ;

term: factor
    | term MUL factor
    | term DIV factor
    ;

expr: term
    | expr ADD term
    | expr SUB term
    ;

%%
int main(int argc, char** argv) {
    ++argv, --argc;
    yyin = fopen(*argv, "r");
    yyparse();
    fclose(yyin);
    return 0;
}

运行命令：

bison File1.y File2.y -o calculator.c

会生成一个名为 calculator.c 的文件，包含两个文件中所有的规则和符号。