当在Bitrise上上传应用到iTunes时出现错误信息"ITMS-90046: Invalid Code Signing Entitlements"时，这通常是由于应用的代码签名权益无效引起的。以下是解决这个问题的一种可能的方法：

1. 检查你的证书和配置文件：首先，确保你使用的证书和配置文件是正确的，并且与你的应用的Bundle Identifier匹配。可以在Apple开发者门户网站上验证证书和配置文件的有效性。

2. 清理并重新生成证书和配置文件：有时旧的证书和配置文件可能会导致问题。在Bitrise上重新生成证书和配置文件，并确保它们是最新的。

3. 检查项目设置：打开你的项目，并确保在"Build Settings"下的"Code Signing"部分，正确选择了证书和配置文件。

4. 检查Entitlements文件：如果你的项目使用了Entitlements文件，请确保该文件中的权限设置是正确的。检查Bundle Identifier、App Groups、Capabilities等设置是否正确。

5. 清理并重新构建项目：有时构建过程中的临时文件可能会导致问题。尝试清理项目并重新构建。

6. 更新Bitrise的Xcode工具：确保你使用的是最新版本的Bitrise及相关的Xcode工具。有时旧版本的工具可能与最新的iTunes Connect要求不兼容。

7. 检查Bitrise的代码签名工作流程：确保你在Bitrise上的代码签名工作流程设置正确。检查是否有任何错误或疏漏。

如果以上方法仍无法解决问题，建议向Bitrise的支持团队寻求帮助，他们可以提供更具体的指导和解决方案。