要在程序中使用System.nanoTime()方法，您可以按照以下步骤进行操作：

1. 导入java.lang.System类：

import java.lang.System;

2. 使用System.nanoTime()方法获取当前系统时间的纳秒数：

long startTime = System.nanoTime();

3. 执行您想要测量时间的代码或操作。

4. 使用System.nanoTime()方法获取操作完成后的当前系统时间的纳秒数：

long endTime = System.nanoTime();

5. 计算操作所花费的时间（以纳秒为单位）：

long elapsedTime = endTime - startTime;

以下是一个完整的示例代码：

import java.lang.System;

public class TimerExample {
    public static void main(String[] args) {
        // 获取开始时间
        long startTime = System.nanoTime();

        // 模拟一个需要测量时间的操作
        for (int i = 0; i < 1000000; i++) {
            // 执行操作
        }

        // 获取结束时间
        long endTime = System.nanoTime();

        // 计算操作所花费的时间
        long elapsedTime = endTime - startTime;

        System.out.println("操作所花费的时间（纳秒）：" + elapsedTime);
    }
}

运行这个示例代码将输出操作所花费的时间（以纳秒为单位）。请注意，System.nanoTime()方法返回的时间是相对于某个未指定的起点的时间，因此它是一个相对值，不能用于计算绝对时间。