在Minecraft服务器上运行的插件文件通常使用.jar文件格式。这些文件实际上是Java归档文件，因此必须包含所有插件所需的Java类和其他资源。通常这些文件应包含插件的源代码（.java文件）和对应的编译后的类文件（.class文件）。此外，插件可能还包含静态文件，例如图像或配置文件。

以下是一个简单的示例，在Minecraft服务器上运行的插件需要生成一条消息：

首先，创建一个名为“HelloPlugin”的Java类：

package com.example.helloplugin;

import org.bukkit.plugin.java.JavaPlugin;

public class HelloPlugin extends JavaPlugin {

@Override
public void onEnable() {
    getLogger().info("Hello, Minecraft!");
}

}

然后，将这个类编译成HelloPlugin.jar文件：

$ javac HelloPlugin.java $ jar cvf HelloPlugin.jar *.class

最后，将HelloPlugin.jar文件上传到Minecraft服务器的插件文件夹中，重新启动服务器，并查看服务器日志，以查看插件是否成功地运行。

需要注意的是，实际的插件可能比这个示例复杂得多，并且可能需要更多的类和文件资源。但是，这个简单的示例提供了一些有关如何将Java源代码打包成.jar文件以在Minecraft服务器上运行的插件的基本信息。