这可能是因为应用在运行时未使用Burp代理。可以尝试以下几个步骤来解决

1. 确保已正确设置好代理服务器和端口，可以通过以下代码示例进行设置：

   System.setProperty("http.proxyHost", "127.0.0.1");
   System.setProperty("http.proxyPort", "8080");
   

2. 使用Burp Suite Proxy CA证书进行SSL Pinning绕过。

3. 在Android应用程序中使用自定义TrustManager，以信任Burp Suite Proxy CA证书。以下是一些示例代码：

   TrustManager[] trustManagers = new TrustManager[]{
       new X509TrustManager() {
           @Override
           public void checkClientTrusted(X509Certificate[] x509Certificates, String s) 
               throws CertificateException {}
           @Override
           public void checkServerTrusted(X509Certificate[] x509Certificates, String s) 
               throws CertificateException {}
           @Override
           public X509Certificate[] getAcceptedIssuers() {
               return null;
           }
       }
   };
   SSLSocketFactory sslSocketFactory = new SSLSocketFactory(trustManagers, 
       SSLSocketFactory.getDefaultHostnameVerifier());
   

通过以上解决方案，可以尝试解决Burp代理未拦截到修改后的APK请求的问题。