要保存更新后的xml文件，而不使用beautifulsoup的prettify方法，可以使用xml.dom.minidom模块来实现。

下面是一个示例代码，展示如何更新xml并保存为格式化的文件：

import xml.dom.minidom

# 读取xml文件
dom = xml.dom.minidom.parse("input.xml")

# 找到要更新的节点
node = dom.getElementsByTagName("example")[0]

# 更新节点的文本内容
node.firstChild.nodeValue = "New Value"

# 保存更新后的xml到文件
with open("output.xml", "w") as f:
    dom.writexml(f, addindent="  ", newl="\n")  # 使用addindent和newl参数来实现格式化保存

print("XML文件已保存")

在这个示例中，假设我们要更新一个名为"example"的节点的文本内容。首先，使用xml.dom.minidom模块的parse方法读取xml文件。然后，使用getElementsByTagName方法找到要更新的节点。接下来，使用节点的firstChild属性来更新文本内容。最后，使用xml.dom.minidom模块的writexml方法将更新后的xml保存到文件中。

在writexml方法中，我们通过设置addindent参数为两个空格来实现缩进，并且设置newl参数为换行符来实现换行。这样就可以保存为格式化的xml文件。

请注意，这个示例只是一个简单的演示，实际使用时可能需要根据具体的xml结构和要更新的内容进行适当的修改。