如果在部署后，应用脚本中的Web应用链接无法正常工作，可能有以下几种解决方法：

1. 检查链接路径：确保链接地址正确引用到了正确的文件或URL。可以使用相对路径或绝对路径指定链接地址。如果是相对路径，确保路径引用正确，不会指向错误的位置。

2. 检查文件位置：确保链接指向的文件或URL在正确的位置。如果文件移动或被删除，链接将失效。确保文件被正确地部署到了服务器上，并且链接指向的位置与文件的位置匹配。

3. 检查服务器配置：如果链接指向的是服务器上的文件，确保服务器的配置正确。检查服务器的根目录是否正确配置，以确保链接能正确地找到文件。如果使用的是虚拟主机，确保虚拟主机的配置正确。

4. 检查链接权限：如果链接指向的文件需要特定的权限才能访问，确保链接的权限设置正确。如果链接的文件位于受保护的目录中，可能需要设置相应的访问权限或身份验证。

5. 检查防火墙或代理设置：有时，防火墙或代理服务器可能会阻止对某些链接的访问。确保防火墙或代理服务器的设置不会影响链接的访问。

以下是一个示例，展示如何在HTML中创建一个链接，并在JavaScript脚本中处理链接的点击事件：

HTML部分：

点击这里

JavaScript部分：

document.getElementById("myLink").addEventListener("click", function(event) {
  event.preventDefault(); // 阻止链接默认的跳转行为
  
  // 在这里编写链接被点击后的处理逻辑
  console.log("链接被点击了！");
});

在上述示例中，我们使用addEventListener方法为链接添加了一个点击事件的监听器。当链接被点击时，会触发指定的处理逻辑（在这里是输出一条信息到控制台）。使用event.preventDefault()可以阻止链接默认的跳转行为，以便我们可以在脚本中处理链接点击事件。