可以使用Git Submodule和Git subtree两种方式进行合并。

Git Submodule：

1. 在目标仓库中添加远程子模块：git submodule add -b
2. 将子模块拉取到本地：git submodule update --init
3. 在目标仓库中更新子模块：git submodule update --remote
4. 复制子模块文件到目标仓库中：cp -R /*

Git subtree：

1. 在源仓库中增加子目录：git subtree split --prefix= --branch=
2. 将分支推送到目标仓库：git push :
3. 在目标仓库中拉取分支：git subtree add --prefix=

示例代码： Git Submodule：

1. git submodule add -b master https://github.com/example/submodule.git ./submodule
2. git submodule update --init
3. git submodule update --remote
4. cp -R ./submodule/* ./target_folder/

Git subtree：

1. git subtree split --prefix=folder1 --branch=subtree_branch
2. git push https://github.com/example/target.git subtree_branch:target_branch
3. git subtree add --prefix=target_folder https://github.com/example/target.git target_branch