不同尺寸的图像时,RDKit图像的MolToImage函数在键宽度和元素标签的缩放方面存在不一致性问题。
创始人
2025-01-08 10:00:43
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在RDKit中,MolToImage()函数生成分子结构的图像,但在不同尺寸的图像上,它可能存在键宽度和元素标签的缩放不一致的问题。为了解决这个问题,可以使用Draw.MolDrawOptions()函数来设置键宽度和元素标签的缩放比例。

以下是一个示例代码,展示如何使用MolDrawOptions()函数来解决这个问题:

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw

# 读取分子结构
mol = Chem.MolFromSmiles('CCO')

# 创建绘图选项对象
options = Draw.MolDrawOptions()

# 设置键宽度的缩放比例
options.bondLineWidth = 2

# 设置元素标签的缩放比例
options.atomLabelFontSize = 18

# 绘制分子结构图像
img = Draw.MolToImage(mol, size=(300, 300), options=options)

# 显示图像
img.show()

在上述代码中,我们首先创建了一个MolDrawOptions()对象,并通过设置bondLineWidthatomLabelFontSize属性来调整键宽度和元素标签的缩放比例。然后,我们使用MolToImage()函数生成指定尺寸的分子结构图像,并传入设置好的options对象。最后,将生成的图像显示出来。

通过这种方式,可以在不同尺寸的图像上得到一致的键宽度和元素标签缩放比例,解决了RDKit中MolToImage()函数的不一致性问题。

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