不同的校验和但是相同的存档文件可能是由于存档文件中包含时间戳、文件权限等非数据内容的差异导致的。在处理这种情况时，我们可以忽略这些差异，只比较存档文件中的实际数据内容。

以下是一个用Python实现的示例代码，用于比较不同校验和但相同存档文件的数据内容：

import hashlib

def calculate_checksum(file_path):
    # 读取文件内容并计算校验和
    with open(file_path, 'rb') as file:
        content = file.read()
        checksum = hashlib.md5(content).hexdigest()
    return checksum

def compare_archives(archive1_path, archive2_path):
    # 计算两个存档文件的校验和
    checksum1 = calculate_checksum(archive1_path)
    checksum2 = calculate_checksum(archive2_path)

    if checksum1 != checksum2:
        # 如果校验和不同，说明存档文件内容不同
        print("存档文件内容不同！")
    else:
        # 如果校验和相同，则可能是其他差异引起的，比如时间戳、文件权限等
        print("存档文件内容相同！")

# 使用示例
compare_archives("archive1.zip", "archive2.zip")

在上述示例中，我们使用了Python的hashlib库来计算存档文件的MD5校验和。通过比较校验和，我们可以判断存档文件的实际数据内容是否相同。如果校验和不同，则说明存档文件的数据内容有差异；如果校验和相同，则说明存档文件的数据内容可能相同，但可能存在其他差异。

请根据实际情况修改文件路径和校验算法，以适应不同的存档文件类型和校验需求。