BWA-mem和Sambamba读取组行错误
创始人
2025-01-12 19:00:43
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在生成BAM文件时，BWA-mem和Sambamba需要正确的读取组信息。如果读取组信息存在错误，则可能会发生以下错误中的一种：（1）BWA-mem输出的SAM文件中缺少读取组信息；（2）Sambamba在输出BAM文件时，可能会将所有读取组信息设置为默认值。
要解决这个问题，我们可以手动创建一个包含正确读取组信息的BAM文件，或者使用Picard工具将读取组信息添加到BAM文件中。以下是使用Picard工具的示例代码：
java -jar picard.jar AddOrReplaceReadGroups \
I=input.bam \
O=output.bam \
RGID=foo \
RGLB=bar \
RGPL=illumina \
RGPU=unit1 \
RGSM=sample
在这个示例中，我们使用Picard工具中的AddOrReplaceReadGroups命令将读取组信息添加到input.bam文件中。我们指定了RGID（读取组ID）、RGLB（读取组文库）、RGPL（读取组平台）、RGPU（读取组芯片序列号）和RGSM（读取组样本名称）参数来指定读取组信息。最后，我们指定了输出文件的名称为output.bam。
通过这个命令，我们可以将正确的读取组信息添加到BAM文件中，从而避免BWA-mem和Sambamba读取组行错误的问题。
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