这个问题可能是由于配置的不正确导致的，可以尝试以下解决方法：

1. 检查AndroidManifest.xml文件中是否有类似于android.intent.category.LAUNCHER的intent-filter重复声明的情况。确保只有一个Activity被标记为启动Activity。

2. 检查你的Activity是否有其他的启动方式，比如通过Intent启动，或者通过其他Activity的调用启动。确保只有一种方式启动Activity。

3. 在onCreate()方法中添加日志打印语句，查看打印的次数，确定是否真的被调用了两次。

4. 检查你的手机是否有其他应用或者服务会在安装后自动启动你的应用，导致MainActivity的onCreate()被调用两次。可以通过卸载其他可能干扰的应用或者服务，再次测试是否还会出现问题。

下面是一个示例代码，演示了如何正确处理MainActivity的onCreate()方法：

public class MainActivity extends AppCompatActivity {
    private boolean isCreated = false;
    
    @Override
    protected void onCreate(Bundle savedInstanceState) {
        super.onCreate(savedInstanceState);
        if (!isCreated) {
            setContentView(R.layout.activity_main);
            // 其他的初始化操作
            isCreated = true;
        } else {
            // 已经创建过了，不执行其他操作
        }
    }
}

通过使用一个标志位isCreated来判断Activity是否已经创建过了，如果已经创建过就不执行其他初始化操作，避免重复调用。请根据你的实际需求调整代码逻辑。