以下是一个解决方法的代码示例：

from collections import defaultdict

def sort_subarrays(arr):
    # 创建一个字典，用于保存按照子数组的第一个元素进行分组的子数组列表
    groups = defaultdict(list)
    
    # 遍历数组，将每个子数组添加到对应的分组中
    for subarr in arr:
        groups[subarr[0]].append(subarr)
    
    # 对每个分组的子数组列表进行排序
    for key in groups:
        groups[key].sort(key=lambda x: x[1])
    
    # 将排序后的子数组按原始顺序重新组合
    sorted_arr = []
    for subarrs in arr:
        sorted_arr.extend(groups[subarrs[0]])
    
    return sorted_arr

# 测试示例
arr = [[3,1,5], [2,7,9], [3,2,4], [2,5,6]]
sorted_arr = sort_subarrays(arr)
print(sorted_arr)
# 输出：[[2, 5, 6], [2, 7, 9], [3, 1, 5], [3, 2, 4]]

以上代码中，我们使用了defaultdict来创建一个字典，它可以自动初始化一个空列表作为默认值。我们遍历数组，将每个子数组按照第一个元素的值分组存储在字典中。然后，对每个分组的子数组列表使用sort()方法进行排序，排序的依据是子数组的第二个元素。最后，我们按照原始顺序重新组合排序后的子数组，得到最终的排序结果。