要解决Apache Beam自定义时间戳窗口未触发聚合函数的问题，可以按照以下步骤进行操作：

1. 确保正确地定义了自定义时间戳窗口。自定义时间戳窗口需要继承自org.apache.beam.sdk.transforms.windowing.WindowFn类，并实现其中的抽象方法。确保在实现assignWindows方法时，正确地将元素分配到对应的窗口中。

public class CustomWindowFn extends WindowFn {
  @Override
  public Collection assignWindows(AssignContext c) throws Exception {
    // 根据时间戳将元素分配到对应的窗口中
    // 返回窗口集合
  }

  // 其他抽象方法的实现
}

2. 使用自定义时间戳窗口进行数据处理时，需要使用Window.into方法将数据流应用到自定义窗口上。确保在应用窗口时，将自定义时间戳窗口传递给into方法。

PCollection input = ... // 输入数据流
input.apply(Window.into(new CustomWindowFn()));

3. 确保正确地设置聚合函数。使用自定义时间戳窗口时，需要使用Combine.perKey方法将聚合函数应用到数据流上。确保在使用Combine.perKey方法时，将正确的聚合函数传递给它。

PCollection> input = ... // 输入数据流
input.apply(Window.into(new CustomWindowFn()))
     .apply(Combine.perKey(new MyCombineFn()));

4. 确保正确地处理窗口结果。如果窗口触发时未得到聚合结果，可能是因为没有正确地处理窗口结果。使用WindowFn.getOutputTime方法可以获取窗口的结束时间戳，在CombineFn.processElement方法中可以使用该时间戳来判断是否触发了窗口。

public class MyCombineFn extends CombineFn {
  @Override
  public V createAccumulator() {
    // 创建累加器
  }

  @Override
  public void processElement(ProcessContext c) {
    // 处理元素，并根据窗口结束时间戳判断是否触发了窗口
  }

  @Override
  public V mergeAccumulators(Iterable accumulators) {
    // 合并累加器
  }

  @Override
  public V extractOutput(V accumulator) {
    // 提取聚合结果
  }
}

通过以上步骤，可以解决Apache Beam自定义时间戳窗口未触发聚合函数的问题。确保正确地定义时间戳窗口、应用窗口、设置聚合函数以及处理窗口结果，可以确保聚合函数在窗口触发时得到正确的结果。