在Apache Beam中，可以使用withAllowedLateness方法来指定窗口关闭后等待N秒钟执行DoFn的操作。

下面是一个使用Java代码示例：

import org.apache.beam.sdk.Pipeline;
import org.apache.beam.sdk.io.TextIO;
import org.apache.beam.sdk.transforms.DoFn;
import org.apache.beam.sdk.transforms.ParDo;
import org.apache.beam.sdk.transforms.windowing.BoundedWindow;
import org.apache.beam.sdk.transforms.windowing.IntervalWindow;
import org.apache.beam.sdk.transforms.windowing.PaneInfo;
import org.apache.beam.sdk.transforms.windowing.Window;
import org.apache.beam.sdk.values.PCollection;
import org.joda.time.Duration;

public class WaitAfterWindowCloseExample {
    public static void main(String[] args) {
        Pipeline pipeline = Pipeline.create();

        PCollection input = pipeline.apply(TextIO.read().from("input.txt"));

        PCollection output = input.apply(Window.into(new MyWindowFunction(Duration.standardMinutes(5))));

        output.apply(ParDo.of(new MyDoFn()));

        pipeline.run().waitUntilFinish();
    }

    static class MyWindowFunction extends WindowFn {
        private Duration allowedLateness;

        public MyWindowFunction(Duration allowedLateness) {
            this.allowedLateness = allowedLateness;
        }

        @Override
        public Collection assignWindows(AssignContext c) throws Exception {
            IntervalWindow window = new IntervalWindow(c.timestamp(), c.timestamp().plus(Duration.standardMinutes(5)));
            return Collections.singletonList(window);
        }

        @Override
        public Trigger getTrigger() {
            return AfterWatermark.pastEndOfWindow()
                    .withEarlyFirings(AfterPane.elementCountAtLeast(1))
                    .withLateFirings(AfterProcessingTime.pastFirstElementInPane().plusDelayOf(allowedLateness));
        }

        @Override
        public Window.Coder windowCoder() {
            return IntervalWindow.getCoder();
        }
    }

    static class MyDoFn extends DoFn {
        @ProcessElement
        public void processElement(ProcessContext c, BoundedWindow window, PaneInfo pane) {
            // 处理元素
            String element = c.element();

            // 窗口处理逻辑
            // ...

            // 在窗口关闭后等待N秒钟执行DoFn的操作
            if (pane.isLast()) {
                try {
                    Thread.sleep(3000);
                } catch (InterruptedException e) {
                    e.printStackTrace();
                }

                // 在等待时间后执行操作
                // ...
            }
        }
    }
}

在上面的示例中，首先定义了一个自定义的WindowFn，通过assignWindows方法将元素分配到5分钟的窗口中。在getTrigger方法中，使用了AfterWatermark.pastEndOfWindow触发器来指定窗口关闭后执行，使用了AfterProcessingTime.pastFirstElementInPane().plusDelayOf(allowedLateness)来指定窗口关闭后等待allowedLateness时间执行。

然后，在MyDoFn中，通过pane.isLast()判断当前是否是窗口的最后一个窗格，如果是，则等待N秒钟后执行相应的操作。

注意，上述代码中的input.txt是输入数据的文件路径，需要根据实际情况进行修改。