要批量设置Apache Cayenne中的关系，可以使用Cayenne的ObjectContext类的batchQuery方法结合Cayenne的SelectQuery和PrefetchSelectQuery来实现。

下面是一个示例代码，演示如何使用batchQuery方法批量设置多对多关系：

import org.apache.cayenne.Cayenne;
import org.apache.cayenne.ObjectContext;
import org.apache.cayenne.query.PrefetchSelectQuery;
import org.apache.cayenne.query.SelectQuery;

// 获取ObjectContext对象
ObjectContext context = ...;

// 创建一个查询，获取所有的Parent对象
SelectQuery parentQuery = SelectQuery.query(Parent.class);

// 使用PrefetchSelectQuery设置批量关系
PrefetchSelectQuery prefetchQuery = PrefetchSelectQuery.query(parentQuery);
prefetchQuery.addPrefetch(Parent.CHILDREN_PROPERTY);

// 执行查询获取所有的Parent对象，并同时获取其关联的Child对象
List parents = context.performQuery(prefetchQuery);

// 批量设置Parent对象的关联Child对象
parents.forEach(parent -> {
    parent.setChildren(Arrays.asList(new Child(1), new Child(2), new Child(3)));
});

// 保存修改
context.commitChanges();

在上面的示例中，首先创建一个SelectQuery来获取所有的Parent对象。然后使用PrefetchSelectQuery创建一个包含关联Child对象的批量查询。

接下来，执行查询获取所有的Parent对象，并使用forEach循环遍历每个Parent对象，设置其关联的Child对象。在这个示例中，我们将每个Parent对象的children属性设置为一个包含三个Child对象的列表。

最后，使用ObjectContext的commitChanges方法保存修改。

请注意，示例中的Parent.CHILDREN_PROPERTY应该替换为实际的关联属性名称。同样，new Child(1)，new Child(2)，new Child(3)也应该替换为实际的Child对象。