要解决Apache Commons Cli错误地接受重复选项的问题，您可以使用OptionBuilder类中的hasArg方法来指示选项是否接受参数，并使用OptionBuilder类中的create方法创建选项。以下是一个示例代码：

import org.apache.commons.cli.*;

public class CliExample {
    public static void main(String[] args) {
        Options options = new Options();

        Option option = OptionBuilder.withLongOpt("input")
                .withDescription("input file")
                .hasArg()
                .create("i");
        options.addOption(option);

        CommandLineParser parser = new DefaultParser();
        try {
            CommandLine cmd = parser.parse(options, args);

            if (cmd.hasOption("i")) {
                String inputFilePath = cmd.getOptionValue("i");
                System.out.println("Input file path: " + inputFilePath);
            } else {
                System.out.println("Input file option is missing");
            }
        } catch (ParseException e) {
            System.out.println("Error: " + e.getMessage());
        }
    }
}

在上面的示例中，我们使用OptionBuilder类创建了一个名为"input"的选项，它的短选项是"i"。通过调用hasArg方法，我们指示该选项需要一个参数。然后，我们将该选项添加到Options对象中。

然后，我们使用DefaultParser类将命令行参数解析为CommandLine对象。通过调用hasOption方法，我们检查命令行中是否存在"i"选项。如果存在，我们可以通过调用getOptionValue方法获取该选项的值。

请注意，OptionBuilder类在Apache Commons CLI 1.3及更高版本中已被弃用。在较新的版本中，您可以使用Option类的构造函数创建选项。