要解决Apache PDFBox在将文件转换为PNG格式时移除水平线的问题，可以尝试以下方法：

方法1：调整PDFBox的渲染参数

在使用PDFBox将文件转换为PNG格式之前，可以尝试调整PDFBox的渲染参数，以确保水平线被正确渲染。具体来说，可以尝试设置RenderingHints.KEY_ANTIALIASING参数为RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON，以启用抗锯齿渲染。

下面是一个示例代码片段，展示了如何使用PDFBox进行文件转换并调整渲染参数：

import org.apache.pdfbox.pdmodel.PDDocument;
import org.apache.pdfbox.rendering.PDFRenderer;
import org.apache.pdfbox.rendering.RenderDestination;
import org.apache.pdfbox.rendering.ImageType;

import java.awt.*;
import java.awt.image.BufferedImage;
import java.io.File;
import java.io.IOException;

public class PDFToPNGConverter {

    public static void main(String[] args) {
        try {
            PDDocument document = PDDocument.load(new File("input.pdf"));
            PDFRenderer renderer = new PDFRenderer(document);

            // 设置渲染参数
            RenderingHints hints = new RenderingHints(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
                    RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);

            for (int pageIndex = 0; pageIndex < document.getNumberOfPages(); pageIndex++) {
                BufferedImage image = renderer.renderImageWithDPI(pageIndex, 300, ImageType.RGB);
                
                // 应用渲染参数
                Graphics2D graphics = image.createGraphics();
                graphics.setRenderingHints(hints);

                File outputFile = new File("output" + pageIndex + ".png");
                ImageIO.write(image, "png", outputFile);
            }

            document.close();
        } catch (IOException e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }
}

方法2：使用其他PDF转换工具

如果调整PDFBox的渲染参数仍无法解决问题，可以考虑使用其他PDF转换工具来将文件转换为PNG格式。一些可能的选择包括iText和PDFTron。

import com.itextpdf.kernel.pdf.PdfDocument;
import com.itextpdf.kernel.pdf.PdfReader;
import com.itextpdf.kernel.pdf.canvas.parser.PdfDocumentContentParser;
import com.itextpdf.kernel.pdf.canvas.parser.listener.ITextExtractionStrategy;
import com.itextpdf.kernel.pdf.canvas.parser.listener.SimpleTextExtractionStrategy;

import java.awt.image.BufferedImage;
import java.io.File;
import java.io.IOException;

public class PDFToPNGConverter {

    public static void main(String[] args) {
        try {
            PdfReader reader = new PdfReader("input.pdf");
            PdfDocument document = new PdfDocument(reader);

            for (int pageIndex = 1; pageIndex <= document.getNumberOfPages(); pageIndex++) {
                PdfDocumentContentParser parser = new PdfDocumentContentParser(document);
                ITextExtractionStrategy strategy = parser.processContent(pageIndex, new SimpleTextExtractionStrategy());
                BufferedImage image = strategy.getResultantImage();

                File outputFile = new File("output" + pageIndex + ".png");
                ImageIO.write(image, "png", outputFile);
            }

            document.close();
        } catch (IOException e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }
}

请注意，这些代码示例仅提供了一种解决问题的思路，具体实现可能需要根据实际情况进行调整和优化。