在使用Apache commons-io中的FileUtils.copyFile()方法复制文件时，可能会遇到源文件权限无法被继承到目标文件的问题，因此需要手动设置目标文件的权限。

具体操作方法如下所示：

import org.apache.commons.io.FileUtils;
import java.io.File;
import java.io.IOException;

public class Main {
    public static void main(String[] args) {
        File sourceFile = new File("source.txt");
        File targetFile = new File("target.txt");

        try {
            // 复制文件
            FileUtils.copyFile(sourceFile, targetFile);

            // 获取源文件的权限
            boolean executable = sourceFile.canExecute();
            boolean readable = sourceFile.canRead();
            boolean writable = sourceFile.canWrite();

            // 设置目标文件的权限
            targetFile.setExecutable(executable);
            targetFile.setReadable(readable);
            targetFile.setWritable(writable);
        } catch (IOException e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }
}

在上述代码示例中，首先通过FileUtils.copyFile()方法复制源文件到目标文件，然后获取源文件的权限并将其设置到目标文件中，从而解决了“Apache commons-io copy and inherit target permissions”这个问题。