APDU命令返回6A88表示应用程序命令无效，解决方法如下：

1. 检查APDU命令是否正确：确认发送的APDU命令是否符合应用程序的要求。可以参考应用程序的文档或者规范来确认命令的格式和参数是否正确。

2. 检查卡片状态：确认卡片是否已经初始化或者已经锁定。如果卡片没有正确初始化或者被锁定，可能会导致APDU命令返回6A88。可以尝试重新初始化卡片或者解锁卡片来解决问题。

3. 检查卡片权限：确认当前使用的密钥或者权限是否满足执行APDU命令的要求。某些APDU命令可能需要特定的权限或者密钥才能执行成功。可以检查APDU命令的文档或者规范来确认所需的权限或者密钥。

以下是一个示例代码，演示如何发送APDU命令并处理返回结果：

import javax.smartcardio.*;

public class APDUExample {
    public static void main(String[] args) {
        try {
            // 获取读卡器
            TerminalFactory factory = TerminalFactory.getDefault();
            CardTerminals terminals = factory.terminals();
            
            // 获取第一个可用的卡片
            CardTerminal terminal = terminals.list().get(0);
            
            // 连接卡片
            Card card = terminal.connect("*");
            
            // 获取卡片APDU通信通道
            CardChannel channel = card.getBasicChannel();
            
            // 构建APDU命令（示例：SELECT命令）
            byte[] commandApdu = {(byte) 0x00, (byte) 0xA4, (byte) 0x04, (byte) 0x00, (byte) 0x00};
            
            // 发送APDU命令并接收返回结果
            ResponseAPDU responseApdu = channel.transmit(new CommandAPDU(commandApdu));
            
            // 处理返回结果
            if (responseApdu.getSW1() == 0x90 && responseApdu.getSW2() == 0x00) {
                // APDU命令执行成功
                System.out.println("APDU命令执行成功");
            } else {
                // APDU命令执行失败
                System.out.println("APDU命令执行失败：" + String.format("0x%02X", responseApdu.getSW()));
            }
            
            // 断开连接
            card.disconnect(false);
        } catch (Exception e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }
}

请注意，上述代码是使用Java的javax.smartcardio库来操作智能卡。具体的APDU命令和返回结果处理逻辑，请根据实际情况进行调整。