在上面的示例代码中，我们在$id和$username属性上使用了@ApiProperty注解，并将identifier参数设置为true，以指定这两个属性为主键。

然后，我们需要在Swagger的配置文件中添加一个自定义的SwaggerDecorator以处理多个主键。示例代码如下：

# api/config/packages/api_platform.yaml
api_platform:
    swagger:
        decorators:
            App\Swagger\SwaggerDecorator: ~

接下来，我们创建一个名为SwaggerDecorator的类，并实现SwaggerDecoratorInterface接口。在该类中，我们可以通过复写decorate方法来修改Swagger的定义，以处理多个主键。示例代码如下：

decorated = $decorated;
    }

    public function decorate(array $data, string $format = null, array $context = [])
    {
        // Modify the Swagger's definitions to handle multiple identifiers
        if (isset($data['definitions'])) {
            foreach ($data['definitions'] as &$definition) {
                if (isset($definition['properties'])) {
                    foreach ($definition['properties'] as &$property) {
                        if (isset($property['identifier']) && $property['identifier']) {
                            $property['x-identifier'] = true;
                        }
                    }
                }
            }
        }

        return $this->decorated->normalize($data, $format, $context);
    }
}

在上面的示例代码中，我们遍历Swagger的定义，并检查每个属性是否被标记为主键（使用x-identifier字段）。如果属性被标记为主键，则将x-identifier字段设置为true。

最后，重新生成Swagger文档并启动API-Platform应用程序。现在，Swagger文档中应该能够正确显示多个主键。

注意：这只是一种解决方法，具体实现可能因项目的不同而有所变化。最好根据自己的需求进行适当地定制和修改。