APK签名使用不同证书的问题可以通过以下步骤解决：

1. 检查证书文件：确保你拥有正确的证书文件。如果你不确定证书文件是否正确，请使用以下命令检查：

keytool -list -v -keystore your_keystore_name

2. 清除旧的签名文件：如果在重新签名之前已经对APK进行过签名，需要先清除旧的签名文件。可以使用以下命令清除旧的签名文件：

zip -d your_apk_file.apk META-INF/*

3. 重新签名APK文件：使用正确的证书文件重新签名APK文件。可以使用以下命令重新签名APK文件：

jarsigner -verbose -sigalg SHA1withRSA -digestalg SHA1 -keystore your_keystore_name -storepass your_keystore_password your_apk_file.apk your_alias_name

4. 验证签名：使用以下命令验证重新签名后的APK文件是否正确签名：

jarsigner -verify -verbose -certs your_apk_file.apk

如果签名正确，则会显示 "jar verified"。

注意：在上述命令中，你需要将 "your_keystore_name" 替换为你的证书文件名，将 "your_keystore_password" 替换为你的证书密码，将 "your_apk_file.apk" 替换为你要签名的APK文件名，将 "your_alias_name" 替换为证书别名。

这是一个使用Java代码进行APK签名的示例：

import java.io.FileInputStream;
import java.io.FileOutputStream;
import java.security.KeyStore;
import java.security.PrivateKey;
import java.security.cert.Certificate;

public class ApkSigner {

    public static void main(String[] args) {
        try {
            // 加载证书
            FileInputStream fis = new FileInputStream("your_keystore_name");
            KeyStore keyStore = KeyStore.getInstance(KeyStore.getDefaultType());
            keyStore.load(fis, "your_keystore_password".toCharArray());

            // 获取私钥和证书链
            String alias = "your_alias_name";
            PrivateKey privateKey = (PrivateKey) keyStore.getKey(alias, "your_keystore_password".toCharArray());
            Certificate[] certificateChain = keyStore.getCertificateChain(alias);

            // 使用私钥和证书链进行APK签名
            String inputApkPath = "your_apk_file_unsigned.apk";
            String outputApkPath = "your_apk_file_signed.apk";
            signApk(inputApkPath, outputApkPath, privateKey, certificateChain);

            System.out.println("APK signed successfully!");
        } catch (Exception e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }

    private static void signApk(String inputApkPath, String outputApkPath, PrivateKey privateKey, Certificate[] certificateChain) throws Exception {
        FileInputStream fis = new FileInputStream(inputApkPath);
        FileOutputStream fos = new FileOutputStream(outputApkPath);

        ApkSignerTool.sign(fis, fos, privateKey, certificateChain);

        fis.close();
        fos.close();
    }
}

class ApkSignerTool {
    public static void sign(FileInputStream inputApk, FileOutputStream outputApk, PrivateKey privateKey, Certificate[] certificateChain) throws Exception {
        // 签名逻辑
        // ...
    }
}

上述代码中，我们使用Java的KeyStore类加载证书文件，获取私钥和证书链，然后使用ApkSignerTool类进行APK签名操作。你需要将 "your_keystore_name"、"your_keystore_password"、"your_alias_name" 替换为你的证书信息，将 "your_apk_file_unsigned.apk" 替换为待签名的APK文件路径，将 "your_apk_file_signed.apk" 替换为签名后的APK文件路径。

希望这些解决方法和示例代码对你有帮助！