当使用CocoaPods开发Cordova原生iOS应用程序时，可能会遇到App Store Connect ITMS-90809错误。这个错误通常是由于使用了不兼容的动态库引起的。以下是解决该错误的一种方法：

1. 打开终端并进入您的Cordova项目的根目录。
2. 在终端中运行以下命令，将CocoaPods添加到您的项目中：

sudo gem install cocoapods
pod init

3. 打开生成的Podfile文件，并在文件末尾添加以下内容：

post_install do |installer|
    installer.pods_project.targets.each do |target|
        target.build_configurations.each do |config|
            config.build_settings['BUILD_LIBRARY_FOR_DISTRIBUTION'] = 'YES'
        end
    end
end

4. 保存并关闭Podfile文件。
5. 在终端中运行以下命令，安装并配置CocoaPods：

pod install

6. 等待安装完成后，重新构建您的Cordova项目并尝试重新提交到App Store Connect。

这个解决方法通过将BUILD_LIBRARY_FOR_DISTRIBUTION设置为'YES'来确保CocoaPods生成兼容的动态库。这也是App Store Connect接受的要求之一。

请注意，您可能还需要更新Cordova和相关插件到最新版本，以确保与CocoaPods的兼容性。如果仍然遇到问题，请查看相关插件的文档或与插件作者联系以获取更多帮助。