您可以使用以下代码示例来通过AppleScript对应用程序的“主”窗口进行操作，即使它不在最前面：

-- 检查应用程序是否正在运行
if application "应用程序名称" is running then
    -- 通过名称获取应用程序的进程ID
    set appPID to unix id of application "应用程序名称"
    
    -- 获取应用程序的所有窗口
    tell application "System Events"
        set appWindows to windows of process appPID
    end tell
    
    -- 遍历所有窗口，并找到“主”窗口
    repeat with theWindow in appWindows
        -- 检查窗口是否是“主”窗口
        if value of attribute "AXMain" of theWindow is true then
            -- 将“主”窗口置于最前面
            tell application "System Events" to perform action "AXRaise" of theWindow
            exit repeat -- 找到“主”窗口后退出循环
        end if
    end repeat
end if

请替换代码中的应用程序名称为您想要操作的应用程序的名称。这段代码将检查应用程序是否正在运行，然后获取应用程序的所有窗口并遍历它们，找到“主”窗口并将其置于最前面。

请注意，某些应用程序可能不支持通过AppleScript将窗口置于最前面。在这种情况下，您可以尝试其他方法，如使用快捷键模拟或使用其他自动化工具来操作窗口。