在ASP.Net Core中，可以通过使用应用程序部件来防止将程序集加载到应用程序域中。下面是一个示例代码，演示如何实现这一点：

using Microsoft.AspNetCore.Mvc.ApplicationParts;
using Microsoft.AspNetCore.Mvc.Controllers;
using System.Reflection;

public class MyApplicationPartManager : ApplicationPartManager
{
    public MyApplicationPartManager()
    {
        ApplicationParts.Clear();
        FeatureProviders.Clear();

        // 添加需要加载的程序集
        var assembly = Assembly.Load("MyAssembly");
        var assemblyPart = new AssemblyPart(assembly);
        ApplicationParts.Add(assemblyPart);

        // 防止将控制器加载到应用程序域中
        FeatureProviders.Add(new MyControllerFeatureProvider());
    }
}

public class MyControllerFeatureProvider : ControllerFeatureProvider
{
    protected override bool IsController(TypeInfo typeInfo)
    {
        // 可以在这里自定义判断逻辑，例如根据命名空间或特性等判断
        return false;
    }
}

上述代码定义了一个名为MyApplicationPartManager的自定义应用程序部件管理器，通过调用ApplicationParts.Clear()和FeatureProviders.Clear()方法来清除默认的应用程序部件和功能提供程序。然后，我们使用Assembly.Load("MyAssembly")方法加载指定名称的程序集，并创建一个AssemblyPart对象来将其添加到应用程序部件中。

为了防止将控制器加载到应用程序域中，我们自定义了一个名为MyControllerFeatureProvider的控制器功能提供程序，并重写了IsController方法。在这个方法中，可以根据需要自定义判断逻辑，例如根据命名空间或特性等判断是否将某个类型识别为控制器。在上述示例中，我们将其始终返回false，以防止加载任何控制器。

最后，可以在Startup.cs文件中添加以下代码，以使用自定义的应用程序部件管理器：

public void ConfigureServices(IServiceCollection services)
{
    services.AddControllersWithViews()
        .ConfigureApplicationPartManager(manager => {
            manager.ApplicationParts.Clear();
            manager.FeatureProviders.Clear();
            manager.ApplicationParts.Add(new MyApplicationPartManager());
        });
}

通过以上步骤，我们可以防止将指定的程序集加载到应用程序域中，并且只加载我们需要的部分。