要在IIS上运行ASP.NET Core 3.1应用程序，您需要为每个应用程序创建一个应用程序池，并将.NET CLR版本设置为v4.0，并启用集成的托管。

以下是一个示例解决方法，其中包含创建应用程序池和设置.NET CLR版本的代码：

1. 打开IIS管理器。
2. 在左侧的连接面板中，选择您要托管应用程序的站点。
3. 在站点的功能视图中，双击“应用程序池”。
4. 在应用程序池面板中，右键单击并选择“添加应用程序池”。
5. 在添加应用程序池对话框中，输入应用程序池的名称（例如，MyAppPool）并选择“.NET CLR版本”为“无托管代码”。
6. 单击“确定”以创建应用程序池。

接下来，您需要将您的应用程序关联到创建的应用程序池。下面是一个示例代码，在ASP.NET Core应用程序的“Startup.cs”文件中进行配置：

public void Configure(IApplicationBuilder app, IWebHostEnvironment env)
{
    // other configuration code...

    // 设置应用程序池的名称
    string appPoolName = "MyAppPool";

    // 获取应用程序池的配置
    var processModel = new System.Diagnostics.ProcessModelSection();
    processModel.Load();

    // 设置应用程序池的名称
    processModel.ApplicationPoolName = appPoolName;
    processModel.ManagedRuntimeVersion = "v4.0"; // 设置.NET CLR版本为v4.0

    // 保存应用程序池的配置
    processModel.Save();

    // other configuration code...
}

在上述代码中，我们通过使用System.Diagnostics.ProcessModelSection类来获取和设置当前应用程序池的配置。然后，我们将应用程序池名称设置为appPoolName变量的值，并将.NET CLR版本设置为v4.0。

请注意，上述代码需要在应用程序启动时运行。您可以在Configure方法中调用它，以确保在应用程序配置期间应用这些更改。

希望这可以帮助到您！