在ASP.NET Core 3.x中使用Swagger进行多个头部进行身份验证的解决方法如下所示：

首先，确保你已经在项目中安装了Swashbuckle.AspNetCore包，可以通过NuGet包管理器或者在项目文件中添加以下代码进行安装：

接下来，在Startup.cs文件中的ConfigureServices方法中添加Swagger的配置：

using Microsoft.OpenApi.Models;
using Swashbuckle.AspNetCore.SwaggerGen;

public void ConfigureServices(IServiceCollection services)
{
    services.AddSwaggerGen(c =>
    {
        c.SwaggerDoc("v1", new OpenApiInfo { Title = "My API", Version = "v1" });

        // 添加身份验证头部
        c.OperationFilter();
    });
    
    // 其他配置...
}

然后，在Startup.cs文件中添加一个自定义的OperationFilter类用于处理身份验证头部的逻辑：

using System.Collections.Generic;
using Microsoft.AspNetCore.Mvc.ApiExplorer;
using Microsoft.OpenApi.Models;
using Swashbuckle.AspNetCore.SwaggerGen;

public class AddRequiredHeaderParameter : IOperationFilter
{
    public void Apply(OpenApiOperation operation, OperationFilterContext context)
    {
        if (operation.Parameters == null)
        {
            operation.Parameters = new List();
        }

        // 添加身份验证头部参数
        operation.Parameters.Add(new OpenApiParameter
        {
            Name = "Authorization",
            In = ParameterLocation.Header,
            Description = "身份验证Token",
            Required = true,
            Schema = new OpenApiSchema
            {
                Type = "String"
            }
        });

        // 可以添加其他头部参数
        // operation.Parameters.Add(new OpenApiParameter
        // {
        //     Name = "OtherHeader",
        //     In = ParameterLocation.Header,
        //     Description = "其他头部参数",
        //     Required = true,
        //     Schema = new OpenApiSchema
        //     {
        //         Type = "String"
        //     }
        // });
    }
}

最后，在Startup.cs文件中的Configure方法中启用Swagger生成的JSON和UI：

public void Configure(IApplicationBuilder app, IWebHostEnvironment env)
{
    // 其他配置...

    app.UseSwagger();
    app.UseSwaggerUI(c =>
    {
        c.SwaggerEndpoint("/swagger/v1/swagger.json", "My API V1");
    });

    // 其他配置...
}

现在，你可以通过访问/swagger路径来查看Swagger生成的API文档，并且在请求中会自动添加身份验证头部参数。