在ASP.NET Core项目中，可以使用Microsoft.AspNetCore.Authentication.JwtBearer扩展来处理JWT Token，同时使用Windows身份验证。

首先安装必要的包：

dotnet add package Microsoft.AspNetCore.Authentication.JwtBearer
dotnet add package Microsoft.AspNetCore.Authentication.Negotiate

接下来，在Startup.cs文件中进行以下配置：

public void ConfigureServices(IServiceCollection services)
{
    // ......省略其他配置

    // 配置 JWT Token 验证
    services.AddAuthentication(options =>
    {
        options.DefaultAuthenticateScheme = JwtBearerDefaults.AuthenticationScheme;
        options.DefaultChallengeScheme = JwtBearerDefaults.AuthenticationScheme;
    })
    .AddJwtBearer(options =>
    {
        options.RequireHttpsMetadata = false;  // 注意：仅用于测试/开发环境
        options.TokenValidationParameters = new TokenValidationParameters
        {
            ValidateIssuer = true,
            ValidateAudience = true,
            ValidateLifetime = true,
            ValidateIssuerSigningKey = true,
            ValidIssuer = Configuration["Jwt:Issuer"],
            ValidAudience = Configuration["Jwt:Audience"],
            IssuerSigningKey = new SymmetricSecurityKey(Encoding.UTF8.GetBytes(Configuration["Jwt:SecretKey"]))
        };
    })
    .AddNegotiate();  // 启用 Windows 身份验证
}

其中，JwtBearerDefaults.AuthenticationScheme指定了JWT Token的验证方式，AddJwtBearer方法用于配置JWT验证的参数。在上述方法中，我们启用了以下几个验证项：

• ValidateIssuer：验证颁发JWT Token的Issuer；
• ValidateAudience：验证JWT Token的Audience；
• ValidateLifetime：验证JWT Token是否过期；
• ValidateIssuerSigningKey：验证JWT Token使用的签名密钥。

此外，还需要指定JWT Token的Issuer、Audience和秘钥等信息，这些信息可以在appsettings.json文件中进行配置。

在控制器中，可以使用[Authorize]特性来保护需要权限认证的API接口：

[Authorize(AuthenticationSchemes = JwtBearerDefaults.AuthenticationScheme + "," + NegotiateDefaults.AuthenticationScheme)]
public class SomeController : Controller
{
    // ......省略其他接口

    [HttpGet("some-protected-api")]
    public IActionResult SomeProtectedApi()
    {
        return Ok("这是一个需要权限认证的API接口");
    }
}

在API调用时，需要在HTTP Header中携带JWT Token，例如：

GET /