要使用来自不同目录的Cargo.toml来调用assert_cmd::cargo_bin，可以使用assert_cmd::cargo::cargo_bin方法。以下是一个示例解决方案：

use std::process::Command;
use assert_cmd::cargo::cargo_bin;

#[test]
fn test_cargo_bin_from_different_directory() {
    // 获取不同目录下的二进制文件路径
    let cargo_bin_path = cargo_bin("my_project").unwrap();

    // 使用Command调用二进制文件
    let output = Command::new(cargo_bin_path)
        .arg("--help")
        .output()
        .expect("Failed to execute command");

    // 断言输出是否符合预期
    assert!(output.status.success());
    assert!(String::from_utf8_lossy(&output.stdout).contains("help"));
}

在这个示例中，我们使用cargo_bin方法来获取名为my_project的二进制文件的路径。然后，我们使用Command来调用该二进制文件，并在参数中传入--help。最后，我们使用assert!和String::from_utf8_lossy来断言输出是否符合预期。

注意：在使用cargo_bin之前，请确保在目标目录中运行了cargo build命令，以确保二进制文件已经构建。