要使用ATSAML21硬件定时器，你可以按照以下步骤进行操作：

1. 首先，你需要包含SAMD21系列的头文件：

#include 

2. 接下来，你需要初始化定时器。在初始化之前，你需要选择定时器的时钟源、分频因子和计数值。例如，如果你想使用内部时钟源，并将分频因子设置为64，计数值设置为65536，则可以按照以下代码进行初始化：

void init_timer()
{
  // 选择GCLK0作为定时器的时钟源
  GCLK->CLKCTRL.reg = GCLK_CLKCTRL_CLKEN | GCLK_CLKCTRL_GEN_GCLK0 | GCLK_CLKCTRL_ID_TCC0_TCC1;
  
  // 设置分频因子为64
  TCC0->CTRLA.reg |= TCC_CTRLA_PRESCALER_DIV64;
  
  // 设置定时器的计数值
  TCC0->PER.reg = 65536;
  
  // 启用定时器
  TCC0->CTRLA.bit.ENABLE = 1;
}

3. 现在，你可以编写一个中断处理函数来处理定时器中断。在该函数中，你可以执行你想要的操作。例如，以下代码将在定时器中断时将LED引脚切换状态：

void TCC0_Handler()
{
  // 清除中断标志位
  TCC0->INTFLAG.bit.OVF = 1;
  
  // 切换LED引脚状态
  PORT->Group[0].OUTTGL.reg = PORT_PA17;
}

4. 最后，你需要启用定时器中断。你可以通过设置定时器的INTENSET寄存器来实现。例如，以下代码将启用定时器溢出中断：

void enable_timer_interrupt()
{
  // 启用定时器中断
  TCC0->INTENSET.bit.OVF = 1;
  
  // 使能NVIC中断
  NVIC_EnableIRQ(TCC0_IRQn);
}

请注意，以上代码仅提供了一个基本的示例来初始化和使用ATSAML21硬件定时器。你可以根据自己的需求进行修改和扩展。