要将Auto-py-to-exe与cscript.exe结合使用，您可以按照以下步骤操作：

1. 确保您已经安装了Python和Auto-py-to-exe。如果没有，请先安装它们。

2. 打开Auto-py-to-exe并选择要转换的Python脚本。

3. 在“Output”选项卡中，选择输出exe文件的目标文件夹。

4. 在“Advanced”选项卡中，将“Additional files”部分中的cscript.exe添加到列表中。您可以使用“Browse”按钮选择cscript.exe文件所在的路径。

5. 在Auto-py-to-exe的界面中，单击“Convert .py to .exe”按钮开始转换。

6. 完成转换后，您将在输出目标文件夹中找到生成的exe文件。

接下来是一个示例代码，演示如何在Python脚本中自动运行cscript.exe：

import subprocess

# 定义cscript.exe的路径
cscript_path = r'C:\Windows\System32\cscript.exe'

# 定义要运行的VBScript文件的路径
vbscript_path = r'C:\path\to\your\script.vbs'

# 使用subprocess模块运行cscript.exe并执行VBScript文件
subprocess.run([cscript_path, vbscript_path], shell=True)

这段代码使用subprocess.run()函数来运行cscript.exe并执行VBScript文件。您需要将cscript_path和vbscript_path替换为实际的路径。

请注意，如果您的VBScript文件需要特定的参数，您需要修改subprocess.run()中的参数列表以传递这些参数。

希望对您有所帮助！