Autoconf 是一个用于自动配置软件包的工具。它会检测系统环境并生成一个可移植的配置脚本。默认情况下，Autoconf 不会忽略 CFLAGS 变量，但在某些情况下，可能会出现问题。

下面是一个解决方法的代码示例：

# configure.ac

AC_INIT([my_program], [1.0])
AC_PREREQ([2.69])
AC_CONFIG_SRCDIR([main.c])
AC_CONFIG_HEADERS([config.h])

# 检查编译器是否支持-Wall标志
AC_MSG_CHECKING([whether the compiler supports -Wall])
AC_COMPILE_IFELSE([AC_LANG_PROGRAM([[]], [[]])], [CFLAGS="$CFLAGS -Wall"])
AC_MSG_RESULT([$CFLAGS])

# 其他配置检查和设置...

AC_OUTPUT

在上面的示例中，使用了 AC_COMPILE_IFELSE 宏来检查编译器是否支持 -Wall 标志。如果支持，就将它添加到 CFLAGS 变量中。这样，生成的配置脚本会将 -Wall 标志传递给编译器。

请注意，配置脚本是通过运行 autoconf 命令来生成的。在生成配置脚本之前，需要将上述代码保存到名为 configure.ac 的文件中，并在终端中执行以下命令：

$ autoconf
$ ./configure
$ make
$ make install

以上代码示例可以帮助你解决 Autoconf 忽略 CFLAGS 的问题，并将其传递给编译器。