在AutoHotkey中，"AlwaysOnTop"是一个用于设置窗口始终置顶的选项。根据你提供的信息，我无法确定具体的问题是什么，但是我可以提供一些常见的解决方法。

首先，确保你使用了正确的语法来设置"AlwaysOnTop"选项。在AutoHotkey中，它通常是通过在窗口标题中添加+AlwaysOnTop来实现的。例如：

#NoEnv
SetTitleMatchMode, 2

; 创建一个窗口并设置始终置顶
Gui +AlwaysOnTop
Gui Add, Text,, Hello World!
Gui Show

return

在上面的示例中，使用+AlwaysOnTop来设置窗口始终置顶。

如果你已经按照正确的语法设置了"AlwaysOnTop"选项，但它仍然不起作用，那么有可能是因为其他程序或窗口管理器正在干扰。尝试关闭其他可能会影响窗口置顶行为的程序，看看问题是否解决。

另外，如果你在使用AutoHotkey的GUI窗口时遇到问题，可以尝试使用WinSet命令来设置窗口的置顶属性。例如：

#NoEnv

; 创建一个窗口
Gui Add, Text,, Hello World!
Gui Show

; 设置窗口始终置顶
WinSet, AlwaysOnTop, On, ahk_class AutoHotkeyGUI

return

上面的示例使用WinSet命令将窗口的AlwaysOnTop属性设置为On。

如果以上方法仍然不起作用，那么可能是AutoHotkey的一个bug或者与其他程序的冲突。你可以尝试更新AutoHotkey版本，或者在AutoHotkey官方论坛或社区中寻求帮助，以获取更具体的解决方案。