要有条件地构建子目录，可以通过在Makefile.am中使用if语句和条件变量来实现。例如，假设我们有一个名为subdir的子目录，它包含一个Makefile.am和一些源文件，只有在配置选项ENABLE_SUBDIR被设置为1时才需要构建该子目录。可以按以下方式修改主目录的Makefile.am：

# 主目录的Makefile.am

AC_CONFIG_FILES([Makefile subdir/Makefile])
AC_SUBST([ENABLE_SUBDIR])

# 在此编写其他AM_INIT_AUTOMAKE之类的内容

if test "$ENABLE_SUBDIR" = "1"; then
  SUBDIRS += subdir
fi

因此，当我们运行configure脚本并将ENABLE_SUBDIR设置为1时（使用--enable-subdir或默认情况下由configure.ac中的AC_ARG_ENABLE定义的选项），Automake将包括subdir目录。

现在我们需要编辑subdir目录中的Makefile.am，以便它根据需要构建子目录的源文件：

# subdir目录的Makefile.am

if ENABLE_SUBDIR

bin_PROGRAMS = foo
foo_SOURCES = foo.c

endif # ENABLE_SUBDIR

现在，当我们在另一个目录中运行configure并设置ENABLE_SUBDIR为1时，Automake将构建foo程序并将其安装到系统中。如果我们不设置ENABLE_SUBDIR或将其设置为0，则Makefile.am将不会包括subdir目录，并且不会构建foo程序。

注意，如果您更改了子目录的Makefile.am，但未更改主目录的Makefile.am，则make命令不会感知到更改，因此必须在完成更改后重新运行configure和make。