当使用Automapper和Entity Framework进行复杂关系映射时，以下是一些建议：

1. 配置Automapper映射配置文件：创建一个Automapper配置文件，用于指定实体之间的映射关系。在配置文件中，可以定义映射规则以及映射的复杂关系。

public class MappingProfile : Profile
{
    public MappingProfile()
    {
        CreateMap()
            .ForMember(dest => dest.ComplexProperty, opt => opt.MapFrom(src => src.ComplexProperty))
            .ForMember(dest => dest.AnotherEntity, opt => opt.MapFrom(src => src.AnotherEntity));
    }
}

2. 使用Include和ThenInclude方法进行导航属性的映射：当实体之间存在复杂的关系时，可以使用Entity Framework中的Include和ThenInclude方法来加载导航属性。在Automapper的配置文件中，可以使用IncludeMembers方法来包含导航属性的映射。

public class MappingProfile : Profile
{
    public MappingProfile()
    {
        CreateMap()
            .IncludeMembers(src => src.NavigationProperty)
            .ForMember(dest => dest.ComplexProperty, opt => opt.MapFrom(src => src.ComplexProperty))
            .ForMember(dest => dest.AnotherEntity, opt => opt.MapFrom(src => src.AnotherEntity));
        
        CreateMap()
            .ForMember(dest => dest.NavigationProperty, opt => opt.MapFrom(src => src.NavigationProperty));
    }
}

3. 使用Projection进行复杂关系的映射：在某些情况下，可能需要使用Projection来映射复杂关系。可以使用Automapper的ProjectTo方法来执行Projection查询。

var result = dbContext.SourceEntities
    .ProjectTo(mapper.ConfigurationProvider)
    .ToList();

这些是使用Automapper和Entity Framework映射复杂关系的一些建议和代码示例。根据实际情况，您可能需要根据自己的数据模型和映射需求进行适当的调整。