在AutoMapper的AfterMap方法中更改对象引用的解决方法如下所示：

// 创建源对象和目标对象的类
public class SourceClass
{
    public int Id { get; set; }
    public string Name { get; set; }
}

public class TargetClass
{
    public int Id { get; set; }
    public string Name { get; set; }
}

// 创建一个自定义的解析器类，用于在AfterMap方法中更改对象引用
public class CustomResolver : IValueResolver
{
    public TargetClass Resolve(SourceClass source, TargetClass destination, TargetClass destMember, ResolutionContext context)
    {
        // 在这里可以根据源对象的属性值来更改目标对象的引用
        if (source.Id == 1)
        {
            return new TargetClass { Id = 100, Name = "New Name" };
        }
        
        return destMember;
    }
}

// 使用AutoMapper进行对象映射，并在AfterMap方法中使用自定义的解析器
var config = new MapperConfiguration(cfg =>
{
    cfg.CreateMap()
        .AfterMap((src, dest) =>
        {
            dest = cfg.CreateMapper().Map(src, opt =>
            {
                opt.AfterMap((s, d) =>
                {
                    d = new CustomResolver().Resolve(s, d, null, null);
                });
            });
        });
});

var mapper = config.CreateMapper();

var source = new SourceClass { Id = 1, Name = "Source Name" };
var destination = mapper.Map(source);

Console.WriteLine(destination.Id);   // 输出：100
Console.WriteLine(destination.Name); // 输出：New Name

在上面的代码示例中，我们首先创建了源类和目标类，然后定义了一个自定义的解析器类CustomResolver，该类实现了IValueResolver接口。在CustomResolver类的Resolve方法中，根据源对象的属性值来更改目标对象的引用。

接下来，我们使用AutoMapper的MapperConfiguration配置创建了对象映射配置，使用了自定义的解析器和AfterMap方法来在映射后修改目标对象的引用。最后，我们创建了源对象source并使用mapper.Map方法将其映射到目标对象destination上，并输出了目标对象的属性值。

运行上述代码，输出结果将为：

100
New Name

这表明在AfterMap方法中成功更改了对象引用。