在AutoMapper中，可以使用ForMember方法来映射第三级子集与根属性。以下是一个示例代码：

using AutoMapper;
using System;

namespace AutoMapperExample
{
    class Program
    {
        static void Main(string[] args)
        {
            // 创建Mapper配置
            var config = new MapperConfiguration(cfg =>
            {
                cfg.CreateMap()
                    .ForMember(dest => dest.Subset.SubsetProperty, opt => opt.MapFrom(src => src.RootProperty));
            });

            // 创建Mapper实例
            IMapper mapper = config.CreateMapper();

            // 创建源对象
            var source = new Source { RootProperty = "RootValue" };

            // 映射源对象到目标对象
            var destination = mapper.Map(source);

            // 输出目标对象的属性
            Console.WriteLine(destination.Subset.SubsetProperty); // 输出：RootValue
        }
    }

    // 定义源对象
    public class Source
    {
        public string RootProperty { get; set; }
    }

    // 定义目标对象
    public class Destination
    {
        public Subset Subset { get; set; }
    }

    // 定义第三级子集对象
    public class Subset
    {
        public string SubsetProperty { get; set; }
    }
}

在上述代码中，我们创建了一个Mapper配置，使用CreateMap方法指定源类型和目标类型，并使用ForMember方法来映射第三级子集的属性与根属性的值。

在Main方法中，我们首先创建了Mapper实例，并创建了一个源对象。然后使用mapper.Map方法将源对象映射为目标对象。最后，我们输出目标对象中第三级子集的属性值，即可看到映射是否成功。

请注意，上述示例代码是使用AutoMapper的最新版本4.2.1进行编写的，如果你使用的是其他版本，请根据不同版本的语法进行调整。