要在两个泛型类型之间使用Automapper映射自定义接口，你需要遵循以下步骤：

1. 首先，创建一个实现自定义接口的类，作为映射的目标类型。例如，假设有一个名为"MappingDestination"的接口：

public interface MappingDestination
{
    // 自定义接口方法
    void Method();
}

2. 创建一个实现自定义接口的类，作为源类型。例如，假设有一个名为"MappingSource"的类：

public class MappingSource : MappingDestination
{
    // 实现自定义接口方法
    public void Method()
    {
        // 实现方法逻辑
    }
}

3. 配置Automapper来进行映射，通过创建一个映射配置文件。创建一个名为"MappingProfile"的类，并继承自Profile类，然后在构造函数中定义映射规则。在这个例子中，我们将使用CreateMap方法来定义MappingSource到MappingDestination的映射：

using AutoMapper;

public class MappingProfile : Profile
{
    public MappingProfile()
    {
        CreateMap();
    }
}

4. 在应用程序的启动代码中，初始化Automapper并注册映射配置文件。例如，在Main方法中添加以下代码：

var config = new MapperConfiguration(cfg => {
    cfg.AddProfile();
});

var mapper = config.CreateMapper();

5. 现在，你可以使用mapper对象来执行映射操作。以下是一个示例代码片段，展示了如何将MappingSource对象映射到MappingDestination对象：

var source = new MappingSource();
var destination = mapper.Map(source);

在这个示例中，Automapper将自动创建一个MappingDestination对象，并将MappingSource对象的属性映射到目标对象。

请注意，要使用以上代码示例，你需要确保已经安装了Automapper NuGet包。可以通过在Visual Studio的NuGet包管理器控制台中运行以下命令来安装Automapper：

Install-Package AutoMapper

希望这可以帮助到你！